针对您的问题，以下是一些特殊情况或例外情形，会影响处理结果。
1. 中介公司已取得甲的授权：若中介公司在与您交易时，已获得甲关于出售房屋的书面授权（即使甲仅拥有使用权），则中介的行为可能被认定为有权代理，您可直接起诉甲要求配合登记。此时，甲需对中介的行为承担责任。
2. 您在交易时明知房屋仅为使用权：若您在购买房屋时，明知甲仅拥有使用权仍与中介交易，则您自身存在过错，可能需承担部分责任。例如，法院可能认定您与中介均有过错，判决中介退还部分购房款，而非全额赔偿。
3. 房屋使用权可依法转让：若该房屋的使用权属于可转让类型（如某些公房使用权），且甲的转让行为符合相关规定，则您可能有权要求甲配合办理使用权过户，而非产权登记。此时，起诉对象和诉求需调整为要求甲配合办理使用权过户。
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针对您的问题，我们可以结合相关法律规定来分析起诉对象的依据。
根据《中华人民共和国民法典》第五百九十七条规定：“因出卖人未取得处分权致使标的物所有权不能转移的，买受人可以解除合同并请求出卖人承担违约责任。” 本案中，甲仅拥有房屋使用权，无所有权，其将房屋卖给中介公司的行为属于无权处分。中介公司基于该无权处分行为再将房屋卖给您，若甲不配合产权登记，导致您无法取得房屋所有权，您可依据此条款起诉中介公司（作为直接出卖人）承担违约责任。同时，根据《民法典》第一百五十七条，若甲的无权处分行为给您造成损失，您也可起诉甲承担赔偿责任。综上，您可根据具体过错情况选择起诉中介公司或甲，或二者共同起诉。
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针对您的问题，可能存在以下法律风险点，需特别注意。
1. 合同无效风险：若甲与中介的买卖合同因甲无处分权被认定无效，您与中介的合同也可能被认定为无效，导致您无法取得房屋所有权。例如，法院经审理认为甲仅拥有使用权，其卖房行为无效，中介基于无效合同转卖房屋给您，您的合同也随之无效，您需退还房屋，仅能向中介主张退款。
2. 拆迁补偿无法获取风险：若甲不配合产权登记，拆迁部门可能将补偿款支付给房屋使用权人（甲），您无法获得补偿。例如，拆迁部门根据房屋登记信息将补偿款打给甲，您因未办理产权登记，无法向拆迁部门主张补偿，只能向甲或中介追讨。
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针对您的情况，以下是一些常见的错误操作行为，需避免。
1. 拖延维权时间：部分购房者因担心诉讼麻烦而拖延，导致超过诉讼时效（一般为3年），丧失胜诉权。例如，您若在知道甲不配合登记后3年内未起诉，可能无法通过法律途径主张权利。
2. 与甲或中介私下达成口头协议：口头协议难以举证，若对方反悔，您将无法保障自身权益。例如，您与中介口头约定“先补偿后过户”，但中介事后否认，您无证据证明该约定。
3. 盲目接受不合理赔偿：在未咨询律师的情况下，轻易接受中介或甲的低额赔偿，导致自身损失扩大。例如，中介仅退还购房款，未赔偿您因拆迁可能获得的补偿差价，您若接受则无法再主张额外损失。
若您已出现上述错误操作，建议尽快联系律师，采取补救措施。

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