停薪留职期间公司承担员工社保缴纳义务有明确的法律依据。下面结合相关法律规定进行详细分析。《中华人民共和国社会保险法》第五十八条规定：“用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。”在停薪留职期间，员工与公司的劳动关系并未解除，员工仍是公司的职工，属于该条规定中的“职工”范畴。因此，公司作为用人单位，自用工之日起（包括停薪留职期间）就负有办理社保登记并缴纳社保费的义务。适用结论：停薪留职期间，只要劳动关系存在，公司就应继续承担员工社保的缴纳义务（单位部分）。
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停薪留职期间，公司是否应继续承担员工社保的缴纳是许多员工关心的问题。以下从不同情况为您详细分析。停薪留职期间，公司仍需为员工缴纳社保。1.如果或若存在双方未就社保缴纳达成特殊书面协议的情况，根据法律规定，停薪留职期间劳动关系依然存续，公司作为用人单位，有法定义务为员工继续缴纳社保的单位部分。2.如果或若存在双方在停薪留职协议中明确约定社保由员工个人全部承担，且该约定不违反法律强制性规定，员工需按协议向公司支付单位及个人应缴纳的全部社保费用，公司再进行统一缴纳。
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在停薪留职期间公司承担员工社保缴纳的问题上，存在一些特殊情况或例外情形会对处理结果产生影响。1.双方协商一致不缴纳社保：虽然法律规定公司有缴纳社保的义务，但如果双方在停薪留职协议中明确约定且员工自愿放弃社保缴纳（需注意该约定可能因违反法律强制性规定而无效），这种情况下公司可能暂时未缴纳社保，但员工仍有权要求公司补缴，公司不能以此作为不缴纳社保的合法抗辩理由。2.员工被判刑收监执行：员工在停薪留职期间因犯罪被判刑收监执行的，公司可以与员工解除劳动合同，劳动关系解除后，公司无需再为员工缴纳社保。这种情形下，社保缴纳义务随着劳动关系的终止而终止。
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停薪留职期间，公司不依法为员工缴纳社保可能会带来一系列法律风险。1.员工无法享受社保待遇的风险：例如，员工在停薪留职期间生病需要住院治疗，如果公司未缴纳医疗保险，员工将无法报销医疗费用，所有费用需自行承担。这就是未缴纳社保导致员工无法享受社保待遇的实例。2.公司面临补缴和处罚的风险：若公司未为停薪留职员工缴纳社保，社保经办机构可责令公司限期补缴，并自欠缴之日起，按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，由有关行政部门处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款。

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